TransformIA
Investigación

Programas de investigación.

El trabajo biológico actual de TransformIA es computacional y analítico. No disponemos de laboratorio experimental propio; cualquier validación wet-lab requiere colaboración externa.

EvoGenesis

Investigación activa

Transiciones evolutivas en la individualidad biológica.

Pregunta de investigación

EvoGenesis estudia si las transiciones desde estados predominantemente unicelulares hacia organización multicelular o colectiva persistente producen cambios reproducibles en los grados de libertad evolutiva disponibles para las células o linajes que las componen.

Motivación

La transición evolutiva en la individualidad es uno de los cambios estructurales de la evolución. El programa busca un principio general asociado a estas transiciones, no un sistema concreto ni una aplicación clínica. El cáncer podría ser una implicación posterior si el mecanismo general resiste las pruebas, pero no define el programa. «Agencia celular» se trata como construcción teórica, no como una magnitud ya medible.

Diseño del estudio

Trabajo computacional y analítico sobre datos publicados de varios sistemas. En esta fase, «grados de libertad evolutiva» no se trata como una magnitud única: el análisis separa observables de morfología, cambio genético, sensibilidad ambiental, organización colectiva y fitness cuando los datos lo permiten. Parte del conjunto de evaluación se mantiene reservado. El trabajo experimental en laboratorio (wet-lab) requeriría colaboración externa y no forma parte todavía del programa.

Datasets
D04Chlamydomonas reinhardtii
En análisis

Estudio experimental de evolución de grupos celulares bajo depredación prolongada por rotíferos. D04 es, por ahora, el conjunto de desarrollo del marco analítico.

Fuentes
Fuente publicadaLa fuente publicada estudia la evolución experimental de grupos celulares bajo depredación.
Análisis TransformIAMétrica descriptiva interna especificada antes del análisis: N_pred = 70; N_no_pred = 40; GC_D04 = 0.5491078103. Es una medida relativa de cambio genómico específico del tratamiento en este dataset; no establece causalidad, adaptación, multicelularidad ni integración.
D06Sphaeroforma arctica
Análisis parcial

Datos morfológicos y de agregación disponibles: sedimentación (Fig2D), medidas de perímetro (Fig2F), células desprendidas (Fig3D), porcentaje longitudinal de agregados (FigS2C) y células por agregado (FigS2E).

Fuentes
Fuente publicadaFuente publicada del contexto de evolución experimental: sedimentación, agregación, variantes multicelulares y 8445 medidas de perímetro.
Análisis TransformIALos datos morfológicos y de agregación están disponibles. El componente de fitness permanece pendiente hasta disponer de una copia local válida del dataset S4; la sedimentación no se usa como proxy de fitness.
D07Dictyostelium discoideum AX4
Calibración

Serie temporal de RNA y proteómica para calibración del pipeline reproducido.

Fuentes
Fuente publicadaLa publicación describe un desfase regulatorio mRNA/proteína de aproximadamente 2–4 horas durante el desarrollo, junto con repositorios públicos asociados.
Análisis TransformIACalibración interna: RNA (0, 2, 4, 6, 8, 10 h), proteómica (0, 2, 4, 8, 10 h), ≈10714 entradas de RNA, 3663 de proteína, 3604 mapeos UniProt comunes y 3639 mapeos DDB. Spearman: 0.286 a 0 h; 0.347 a 2 h; 0.366 a 4 h. Reproduce descriptivamente un patrón cualitativo conocido; no constituye evidencia de la hipótesis central.
D03Escherichia coli
Conjunto de reserva (holdout)

Conjunto de reserva en el diseño actual. No se usa para afirmar confirmación ni validación cruzada.

D05Chlamydomonas
Conjunto de reserva (holdout)

Conjunto de reserva en el diseño actual. No se usa para afirmar confirmación ni validación cruzada.

Observaciones actuales
  • ·D04: cambio genómico relativo específico del tratamiento (GC_D04 = 0,55), sobre el conjunto de desarrollo del marco.
  • ·D07: reproducción descriptiva del desfase transcrito–proteína conocido. Resultado de calibración.
  • ·D06: observables de morfología y agregación disponibles; el análisis de fitness depende de completar la adquisición del dataset S4.
Qué queda sin resolver
  • ·Ningún resultado actual establece un mecanismo causal.
  • ·No existe validación sobre los conjuntos de reserva (D03, D05).
  • ·El programa no ha pasado revisión científica externa.
Condiciones que contarían en contra del modelo de trabajo
  • ·Que las predicciones especificadas antes del análisis no se reproduzcan al evaluarse en sistemas independientes.
  • ·Que los conjuntos de reserva no sostengan las relaciones previstas por el modelo de trabajo.

Aplican a predicciones especificadas antes del análisis, no al programa en su conjunto.

Experiencia e infraestructura necesarias
Colaboración wet-labRevisión en biología evolutivaReplicación experimentalCapacidad de cómputoAcceso a modelos
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NOEMA

Investigación

Programa conceptual sobre agencia, emergencia y organización a nivel de sistema.

Pregunta de investigación

NOEMA examina cómo describir agencia, emergencia y comportamiento colectivo a nivel de sistema.

Motivación

Trabajo en fase temprana, más conceptual que empírico. Por ahora no hay un dataset ni un experimento asociados.

Diseño del estudio

Desarrollo del marco conceptual, con foco en la discusión y la revisión metodológica.

Qué queda sin resolver
  • ·El marco todavía no distingue de forma operativa la emergencia de la agregación simple.
Experiencia e infraestructura necesarias
Discusión científicaRevisión conceptualRevisión metodológica
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Colaboración científica y experimental

Buscamos revisión metodológica, experiencia en biología evolutiva, acceso experimental y capacidad de cómputo para avanzar paquetes de trabajo concretos.

Recursos y colaboración Registro técnico